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Jリーグに加盟するクラブのひとつであり、岐阜市を中心とする岐阜県全域に本拠地を置いている。ホームスタジアムは岐阜市にある岐阜メモリアルセンター長良川競技場。運営会社は株式会社岐阜フットボールクラブである。クラブ名の「FC」は、英語の「Football Club」を略したもので、岐阜のシンボルとなるサッカークラブを目指して命名された。
岐阜県に本拠地を置いたサッカーチームとしては、かつて西濃運輸サッカー部があり、日本サッカーリーグ2部やジャパンフットボールリーグで活動していた。しかし、同サッカー部が1997年に廃部となると、県リーグより上位のカテゴリで活動するサッカーチームがなくなり、その後も誕生することがなかった。そこで、2001年に岐阜県サッカー協会が中心となって、FC岐阜が結成された。翌2002年には運営母体となる「スティルバックスポーツクラブ(SSC)」が大垣市で誕生し、NPO法人としての認可を受けた。
FC岐阜は2004年に東海リーグ2部に昇格し、2006年には東海リーグの1部へと昇格した。同年に運営会社の「株式会社岐阜フットボールクラブ」が設立されるとともに、東海リーグ1部で優勝。さらに、全国地域リーグ決勝大会で2位に入賞し、日本フットボールクラブ(JFL)の入れ替え戦を制してJFLへの昇格を決めた。翌2007年にはJFLで3位に入賞し、同年12月に翌年からのJ2参加が承認された。2008年よりJ2で活動しているが、ユニフォームのスポンサーが付かないなど厳しい経営状態を抱えているという一面もある。チームカラーは緑。
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